Как образец храмового зодчества малой формы появился в городе Новосибирске в 1913 году, в честь знаменательной даты — трехсотлетия династии Романовых. Торжества праздновались с небывалой помпезностью. Служились многочисленные молебны, по всей России возводились храмы.
В городской Думе Новониколаевска средств на значительное сооружение недоставало, поэтому сообщество «Ясли» приняло ответственное решение по возведению малой церкви.
Патетический молебен и закладка первого камня храма во имя святого Николая Чудотворца состоялась в июле 1914 г. Божий дом строился по проекту А.Д. Крячкова на подаяния верующих, вклады зажиточных горожан и городской казны. Большую часть работ по строительству часовни взял на себя глава города А. Г. Беседин.
Во время строительства часовни постоянно ощущался недостаток денежных средств, времени и рабочих рук. Общественность города добилась бесплатного железнодорожного провоза колоколов для часовни. Благословил строительство епископ Томский и Алтайский Анатолий (Каменский). Владыка Анатолий даровал в честь возведения часовни образ святого Николая. В декабре 1914 года икона прибыла в Новониколаевск, в храме Александра Невского прошли торжественные молебны.
Службу в возведённой часовне совершил иеромонах Алексий. Часовня святого Николая Чудотворца стала символическим первенцем храмового зодчества в столице Сибири.
Пережив тяжелые времена гонений православия и сноса религиозных сооружений, в 1991 году часовня была восстановлена. Архитектурное решение часовни претворил в жизнь П. А. Чернобровцев, а расписал малый храм его отец художник А. С. Чернобровцев.
В 1993 году, при праздновании столетия города Новосибирска, христианская постройка была освящена. Сам владыка Алексий II отслужил молебен и подарил икону святого Николая Чудотворца. 21 мая 2003 г. икону доставили в Новосибирск. Частица святых мощей вложена в икону святого Николая.
Часовня — это один из символов города и Новосибирской области, ранее считалось, что ее местоположение символизирует географический центр России.